Axe 7 :   Plateformes 

 

Responsables

  • Nicolas Barthès (Montpellier)
  • Alain Bouchereau (Rennes)
  • Julie Reveillaud (Montpellier)

Adresser aujourd’hui des recherches solides en écologie chimique nécessite d’accéder à de l’instrumentation analytique performante souvent regroupée au sein de plateaux ou plateformes. Les innovations technologiques récentes nous imposent, comme à bien d’autres domaines scientifiques, une adaptation rapide d’autant plus qu’il s’agit de combler un certain retard par rapport aux grandes infrastructures du domaine en Allemagne, Suède, Etats-Unis ou Japon. A travers cette demande de prolongation de GdR, la communauté des écologues et chimistes des substances naturelles souhaite, entre autres, mettre l’accent sur l’accessibilité et la formation des chercheurs à ces nouveaux appareillages (métabolomique, métagénomique, imagerie, RMN, méthodes couplées LC-MS, GC-MS, etc.) en lien étroit avec le développement nécessaire d’outils de traitement et de bancarisation de grands jeux de données. (cf volet « Outils analytiques des données » de l’axe).

Cette volonté doit être encouragée et s’appuyer sur la mise en réseau et le transfert de compétences entre laboratoires français (ateliers, écoles thématiques, réseaux, consortium) ce qui nécessite un support structurel pour cette communauté. Bien que la situation ait progressé ces dernières années, la prolongation du GdR permettra de consolider l’accès pour les recherches en écologie aux infrastructures analytiques en Biologie, Agronomie et Santé, plateformes de séquençages, d’analyses chimiques et autres grands plateaux techniques non encore dédiés à l’écologie, notamment dans le paysage qu’ont dessiné les Investissements d’Avenir.

Afin de renforcer l’interdisciplinarité entre les domaines variés de l’écologie chimique, cet axe a également pour objectif, de donner accès, au-delà des équipements, à des compétences de collègues, ou à une formation, pour les chercheurs et personnels techniques qui souhaitent mener à bien leurs projets de recherche dans notre discipline.

Dans ces domaines transversaux, l’activité du GdR encouragera donc les rapprochements d’équipes ou de personnes à des compétences analytiques complémentaires pour progresser ensemble dans la compréhension du fonctionnement des systèmes étudiés, à quelque échelle que ce soit : cellulaire, organisme, écosystème.

 

Références :

  • Critical thinking in the chemical ecology of mammalian communication: roadmap for future studies. Charpentier M. J. E. et al., 2012, Functional Ecology, 26, 769-774
  • Extending genomics to natural communities and ecosystems. Whitham TG, Difazio SP, Schweitzer JA, Shuster SM, Allan GJ, Bailey JK, Woolbright SA. Science 320:492-495.
  • Metabolomics in chemical ecology. Kuhlisch C., Pohnert G. 2015. Prod. Rep. 32:937-955

 

Mots clés : Plateformes, métagénomique, chromatographie, métabolomique, imagerie spectrale.

 

Liens plateformes principales en France : https://www.biogenouest.org/ ; http://ibmp.u-strasbg.fr/ ; http://www6.toulouse.inra.fr/metatoul/ ; http://www.metabohub.fr/ ; http://www.ens-lyon.fr/crmn/crmn/index.html ; http://www6.ara.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme ; http://www.u-picardie.fr/plateforme/icap/ ; http://www.pmm.u-psud.fr/ ; http://www.icsn.cnrs-gif.fr/ ; http://www.genopole.univ-mrs.fr/index.php ; http://www.ibisa.net/plateformes/