Financement acquis dans le cadre du projet ANR HoloFungi (ANR-25-CE20-3137).
Laboratoire d’accueil : ISOMer (Institut Des Substances et Organismes de la Mer), équipe M3 (Métabolites du Microbiome Marin).

Détail de l’offre : Sujet de thèse

Sujet de thèse

Titre : Étude du dialogue chimique entre le dinoflagellé Prorocentrum lima et ses champignons associés.

Objectifs :

  1. Comprendre les signaux chimiques produits par les champignons qui induisent une surproduction de toxines par P. lima.
  2. Étudier comment la microalgue et les champignons structurent et régulent la communauté microbienne de l’holobionte via leurs métabolites.
  3. Découvrir de nouvelles molécules antimicrobiennes à potentiel thérapeutique.

Approches méthodologiques

  • Exploration de la diversité chimique des champignons associés à P. lima :
    • Approche OSMAC (One Strain Many Compounds).
    • Métabolomique par LC-MS haute résolution et réseautage moléculaire.
  • Culture à grande échelle de champignons et de P. lima.
  • Isolement et caractérisation des molécules par chromatographie (Flash, HPLC).
  • Caractérisation structurale par MS et RMN (1D/2D).
  • Quantification des toxines produites par P. lima (LC-MS).
  • Évaluation biologique des molécules isolées.
  • Interprétation écologique dans le contexte de l’holobionte.

Profil recherché

  • Master 2 en chimie des produits naturels, métabolomique ou microbiologie.
  • Compétences souhaitées :
    • Expérience en chromatographie et spectrométrie de masse.
    • Connaissances en RMN et analyse de données métabolomiques.
    • Codage informatique (R/Python) apprécié.
  • Qualités :
    • Autonomie, rigueur et esprit d’équipe.
    • Curiosité scientifique et intérêt pour l’écologie chimique marine.

Cadre de la thèse

  • Laboratoire : ISOMer (UR 2160), Nantes Université.
  • Durée : 3 ans (début septembre/octobre 2026).
  • Financement : ANR HoloFungi.

Encadrement

Candidature

  • Date limite : 13 mai 2026.
  • Dépôt du dossier : Plateforme AMETIS
  • Modalités : Contacter les encadrants avant dépôt pour connaître les détails.

Bibliographie clé

  1. Dittami et al., PeerJ Preprints, 2019.
  2. Ibghi et al., Environ. Monit. Assess., 2022.
  3. Berry et al., Environ. Microbiol., 2023.
  4. Le et al., Comptes Rendus Chimie, 2025.
  5. Le et al., Marine Drugs, 2021.
  6. Bertrand et al., J. Nat. Prod., 2013.

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