Titre : GUTPOWER2: the gut microbiota’s potential in organismal resilience to environmental change.

Détails du sujet : Projet détaillé

Contexte scientifique

Le microbiote intestinal, ensemble des micro-organismes vivant dans le tractus digestif, joue un rôle clé bien au-delà de la digestion. Il influence :

  • Le métabolisme, l’immunité, la santé et la cognition via l’axe intestin-cerveau.
  • La résistance aux pathogènes et les rythmes circadiens.
  • L’acclimatation aux stresseurs environnementaux en facilitant des réponses phénotypiques plastiques rapides (métabolisme, physiologie, comportement).

Modèle d’étude : Le poisson-clown à nageoires orange (Amphiprion maohiensis), à Moorea (Polynésie française).

Objectifs de la thèse

  1. Caractériser la diversité et la fonction d’un microbiote intestinal sain chez de jeunes poissons, et identifier les changements liés à l’âge.
  2. Étudier les modifications du microbiote en réponse à la pollution lumineuse nocturne.
  3. Déterminer le rôle médiateur du microbiote dans la résilience phénotypique face à un stresseur environnemental, et identifier les métabolites spécifiques corrélés à cette résilience.

Approches méthodologiques

  • Évaluation de la capacité d’adaptation :
    • Plasticité phénotypique rapide (physiologie métabolique, performance de fuite, capacité de nage, réponse au stress endocrinien).
    • Mesure des glucocorticoïdes (GC) : médiateurs des changements métaboliques, physiologiques, cognitifs et comportementaux.
  • Analyses moléculaires :
    • Transcriptome, métabolome et microbiome (endophénotypes de résilience).
    • Métabolomique non ciblée (LC-MS) pour capturer les variations fonctionnelles et lier les changements du métabolisme microbien aux processus écologiques.
  • Expérimentations manipulatives in situ :
    • Combinaison des techniques omics avec des expériences sur le terrain.

Profil recherché

  • Master 2 en biologie marine, écologie, physiologie, ou domaine connexe.
  • Compétences requises :
    • Laboratoire : Métabolomique (prétraitement des données avec W4M ou MZMine, analyses statistiques).
    • Physiologie métabolique, réponses au stress endocrinien, comportement cognitif.
    • Expérience en terrain isolé (atout majeur).
  • Atouts supplémentaires :
    • Plongée sous-marine (CAH) et permis bateau.
    • Maîtrise du français (non obligatoire, mais un plus).
  • Qualités :
    • Autonomie, rigueur, capacité à travailler en équipe.
    • Intérêt pour l’approche intégrative (écologie, physiologie, omics).

Encadrement et lieu

  • Directrices de thèse :
    • Marie-Virginie Salvia – CRIOBE.
    • Isabelle Bonnard – CRIOBE.
    • Suzanne Mills – CRIOBE.
  • Lieu : CRIOBE (Perpignan & Moorea, Polynésie française).
  • Durée : 3 ans.

Modalités de candidature

Si vous êtes intéressé·e, vous pouvez envoyer un CV ainsi qu’une lettre de motivation à :

Date limite de candidature : Vendredi 5 juin 2026.

Pourquoi postuler ?

  • Projet innovant à l’interface entre écologie microbienne, physiologie et écologie comportementale.
  • Environnement unique : Travail sur le terrain à Moorea, avec accès à des infrastructures de pointe (LC-MS, analyses omics).
  • Impact scientifique : Contribuer à la compréhension des mécanismes de résilience face aux changements environnementaux.

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