Laboratoire / Institut : CNRS- ICSN & I2BC

Equipe de recherche : Functional chemistry – Chemical ecology / Fungal Epigenomics and Development

Nom du responsable d’équipe : Dr Eparvier Véronique / Pr Malagnac Fabienne

Encadrantes du stage : Dr Eparvier Véronique (ICSN) & Pr Fabienne Malagnac (I2BC)

Courriel des encadrantes : veronique.eparvier@cnrs.fr / fabienne.malagnac@i2bc.paris-saclay.fr

Adresse du Laboratoire : 1 av de la terrasse 91190 Gif sur Yvette

Projet de recherche :

Les champignons constituent un groupe d’organismes extrêmement diversifié et jouent un rôle écologique majeur grâce à leur capacité unique à dégrader la lignine, participant ainsi activement au recyclage de la biomasse et au cycle du carbone. Ils représentent également une source encore peu exploitée de composés bioactifs à fort potentiel biotechnologique. Toutefois, de nombreuses voies biosynthétiques restent silencieuses dans des conditions de laboratoire standards en raison d’une régulation épigénétique exercée par la chromatine. Celle-ci peut adopter des états permissifs (euchromatine) ou répressifs (hétérochromatine), déterminés par des modifications spécifiques des histones. Comme plusieurs groupes de gènes biosynthétiques sont intégrés dans l’hétérochromatine, leur activation nécessite souvent la levée de cette répression.

Le champignon filamenteux Podospora anserina constitue un modèle pertinent pour étudier ces mécanismes : les mutants présentant un défaut de formation de l’hétérochromatine ou une accumulation de marques de chromatine active montrent une dérépression globale, incluant l’activation de voies métaboliques spécialisées.

Ce projet vise à exploiter ces mutants afin de combiner des approches épigénomiques, transcriptomiques, métabolomiques et phénotypiques pour comprendre comment les modifications de la chromatine régulent le métabolisme spécialisé des champignons. Ce sujet s’inscrit dans le cadre du projet ECHOFUN (collaboration I2BC-ICSN, OI Metabiodivex).

Missions à réaliser :

  • Réaliser le profilage métabolomique des souches sauvages et mutantes par LC-MS/MS et RMN, afin d’identifier et de caractériser les métabolites produits.
  • Établir une caractérisation phénotypique approfondie des mutants et relier la dynamique de la chromatine à la production métabolique et aux traits fongiques observés.

Encadrement :

  • Co-direction par une équipe experte en épigénétique fongique (I2BC, Pr F. Malagnac) et en chimie des produits naturels (ICSN, Dr V. Eparvier).
  • Ces deux laboratoires sont présents sur le Campus CNRS de Gif-sur-Yvette.

Compétences requises :

  • Chimie analytique : extraction et purification d’extraits issus de micro-organismes, préparation d’échantillons pour analyses SM, RMN, HPLC, RX, etc.
  • Métabolomique : maîtrise de la LC-MS/MS, de la spectrométrie de masse haute résolution, des logiciels de traitement des données (MzMine, MetGem, GNPS), de l’analyse des réseaux moléculaires, de l’annotation des métabolites, de l’utilisation des bases de données métabolomiques.
  • Communication scientifique : présentation des résultats.
  • Compétences en matière de suivi des expériences en laboratoire et d’analyse des données.
  • Aime travailler en équipe, motivé, rigoureux et proactif.